Den 4. februar 1945 udsendt Rigskansler Adolf Hitler en såkaldt ”Führerbefehl”, der fik stor betydning for Danmark. I befalingen fra Hitler står der, at befolkningen i den ”Østlige del af ”Riget” skal føres i sikkerhed, bl.a. ved midlertidig anbringelse i Danmark.

Hitlers var bekendt med, at de fremstormende kommunistiske tropper agerede på samme måde, som hans nazistiske tropper havde gjort, da Sovjetunionen blev invaderet i 1941.
Den 15. februar 1945
Den Tyske Kriegsmarine skulle sikre transport og fra 15. februar 1945 til et stykke efter Kapitulationen i maj 1945 ankom tæt på ¼ million østtyske flygtninge til Danmark.

Ca. 100.000 blev indkvarteret i Storkøbenhavn. Værnemagten havde beslaglagt skoler, idrætshaller m.v.
Fra 5. maj 1945 kl. 08.00 var det danske myndigheder, der overtog ansvaret med forplejning, indkvartering, lægehjælp m.v.
Den 5. maj 1945
Myndighederne havde en klar opfattelse af, at det var meget midlertidigt og at flygtninge skulle hjemsendes hurtigt i lighed med de tyske tropper, der havde været stationeret i Danmark.

De tyske tropper påbegyndte hjemmarchen den 6. maj 1945, men hjemsendelse af de mange flygtninge trak ud. Bl.a. fordi de fire besættelsesmagter i Tyskland mente, at man ikke pga ødelagt infrastruktur i Tyskland kunne modtage andre end soldaterne.
Man mente også, at Danmark, der kun i mindre grad var påvirket direkte af krigshandlinger, bedre kunne brødføde de mange tusinde.
Alle skoler, forlægninger, hvor der var flygtninge, blev sat under bevogtning, da man ikke ønskede, at flygtningen sivede ud i samfundet.
Da man efterhånden erfarende, at de mange skoler ikke umiddelbart ville blive frigjort etablerede man en landsdækkende organisation, der skulle løse problemerne på kort og lang sigt.

Flygtningelejre
I første omgang flyttede man flygtningene fra efteråret 1945 til tidligere tyske militærlejre. Værnemagten havde selv i mindre udstrækning anvendt deres egne lejre til indkvartering inden maj 1945.
I Store Magleby kommune havde Luftwaffe etableret flere lejre i 1943-45. Nu blev de lejre udbygget og indrettet som flygtningelejre, der skulle anvendes vinteren over 1945-46.
Der blev indrettet seks flygtningelejre i Store Magleby. Indbyggerantallet var 1.600 og på et tidspunkt var der 4.100 flygtninge i lejrene i kommunen.
Lejr. Nr. 80, Baggersmindelejren
Allerede i august 1943 havde Værnemagten beslaglagt Frelsens Hærs sommerlejr på Fælledvej. I Baggersmindelejren. Lejren blev brugt til uddannelse af rekrutter, der efter endt oplæring via Gedser blev sendt til Østfronten.
Det tyske personel forsvandt den 5. maj 1945 og efterlod en del flygtninge i lejren. Vagterne havde aflåst forrådskammeret, der var i den bunker, der ligger ved indkørslen. Modstandsfolk sørgede fra 6. maj for at flygtningene fik mad og man fik skaffet frisk mælk.
Lejren blev i lighed med andre lejre omgivet af pigtråd og indtil andet vagtmandskab kunne skaffes, var det mandskab fra modstandsbevægelsen i Sundby, der havde vagtopgaverne.

Senere var det nyindkaldte danske soldater fra Bådsmandstræde Kaserne, der overtog vagten.
Lejren blev ret hurtigt udelukkende anvendt til indkvartering af ”Uregerlige kvinder”, der blev overflyttet fra andre flygtningelejre, hvor de havde skabt uro.
Uregerlige kvinder var defineret som kvinder, der ikke kunne lade de mandlige fanger være i fred eller på anden måde havde forstyrret.
Det var en af de mindste lejre i området med 11 barakker og pr. 1. januar 1946 var der kun 232 flygtninge.
Julen 1946-47
Poul Petersen fra Maglebygård i Kinkelgade fik lov til at besøge lejren ved juletid 1946. De indsatte havde lavet julegaver og de arrangerede forskellige krybbespil.


I foråret 1947 begyndte man at tømme lejrene på Sydamager. En del flygtninge blev flyttet til gennemgangslejre i Jylland. Andre fik mulighed for at komme direkte tilbage til Tyskland, dog næsten aldrig til deres gamle hjemegn, der nu var polsk eller østtysk område.

Den største af lejrene med over 100 barakker, der lå ved Jægervej, blev som den sidste nedlagt i sommeren 1947.
De sidst østtyske flygtninge rejste den 15. februar 1949 fra Kolding Station mod syd. Præcis fire år efter de første ankom.