Året efter starten på 2. verdenskrig i 1939, blev Danmark besat. Der blev indført endnu flere restriktioner. De særdeles strenge vintre 1940-42, gjorde den vanskelige brændstofsituation endnu værre.
1940-42
Fra Dragør kendes mange fotos, hvor man ser store mængder sne langs kysten og is i havnen m.v.
Amagerbanens ledelse fortrød, at man havde nedlagt persontrafikken i 1938 på jernbanen mellem Amagerbro og Dragør.
I sommeren 1940 genoptog man driften på den 12 km lange jernbanestrækning, men det var med dårligt materiel, da det bedste var solgt til andre privatbaner.
Stationerne ved Amagerbrogade var nedrevet og solgt.
Der blev i første omgang etableret en primitiv endestation ved Uplandsgade.
Man kunne dog overholde køreplanen, så transporttiden stadig var ½ time mellem København og Dragør. Endestationen blev igen flyttet til Amagerbrogade 19.
Planer om, at etablere en ”hurtigsporvogn” (i dag kaldet letbane) fra trinbrættet ved Uplandsgade via Vermlandsgade, Amager Boulevard over Langebro blev ved planerne. Vermlandsgade nåede dog, at blive anlagt som en boulevard.
Slutningen af besættelsen
Man havde problemer med at skaffe nye dæk til busserne. Alle former for brændstof var underlagt restriktioner og rationeringer.
Langt fra alle jernbanevogne blev opvarmet og på et tidspunkt måtte hestevogntransport i perioder erstatte Amagerbanens busser mellem Dragør og Sundbyvester Plads.
Fra april 1945 begyndte Den tyske Værnemagt, at anbringe deres flygtninge i militærlejre bl.a. i Store Magleby på Amager. Først i to lejre på Fælledvej og i en lejr ved Jægervej.
Efter befrielsen blev den tyske baraklejr på Jægervej/Lundevej kraftigt udbygget med indkøbte svenske barakker. Ved årsskiftet 1945/46 var der anbragt 1.600 flygtninge i lejren.
